Wybór MAO jest decyzją beneficjenta. Powołanie MAO w jednostce beneficjenta przybiera formę zarządzenia prezydenta / burmistrza, uchwały Rady Gminy, lub uchwały właściwego organu spółki.
Na MAO nie może być powołana osoba, dla której orzeczono karę zakazu pełnienia funkcji publicznych.
Beneficjent najpóźniej w terminie 14 dni od daty podpisania umowy o dofinansowanie jest zobowiązany do ustanowienia Pełnomocnika ds. realizacji projektu, który będzie osobą właściwą do reprezentowania beneficjenta w stosunkach z Instytucją Wdrażającą w sprawach związanych z realizacją umowy. Beneficjent niezwłocznie informuje Instytucję Wdrażającą oraz Instytucję Pośredniczącą o wyznaczeniu lub zmianie Pełnomocnika ds. realizacji projektu. Pełnomocnik może zostać powołany na etapie przygotowania projektu do realizacji. Za ustanowienie struktury instytucjonalnej beneficjenta (tzn. MAO i Jednostki Realizującej Projekt) beneficjent uzyskuje dodatkowy punkt przy ocenie merytorycznej projektu.
Wniosek o nominację dla wskazanej osoby wraz z powołaniem MAO oraz życiorysem zawodowym przesyłany jest bezpośrednio do Ministerstwa Środowiska.
Pełnomocnikiem może być wyłącznie osoba, która ukończyła z pozytywnym wynikiem postępowanie weryfikacyjne prowadzone przez Instytucję Pośredniczącą, tzn. zdała egzamin dotyczący zakresu obowiązkó MAO.
Po pozytywnym zakończeniu procesu weryfikacji kandydatów na MAO, UZIP/zastępca UZIP podpisuje nominację, która przybiera formę certyfikatu.
Data na certyfikacie wyznacza moment, od którego dana osoba może występować formalnie jak MAO. Odnosi się to przede wszystkim do podpisywania szeregu dokumentów, związanych z realizacją projektu w szczególności: dokumentów przetargowych, dokumentów finansowych, raportów monitorujących, protokołów z kontroli itp.
Przed datą nominacji MAO wymienione powyżej dokumenty powinny być podpisywane przez osoby reprezentujące beneficjenta zgodnie z prawem, tj. upoważnione do składania oświadczeń woli w imieniu beneficjenta (np. w jednostkach samorządu terytorialnego – przez prezydenta/burmistrza, a w spółce handlowej – przez osoby reprezentujące zgodnie z KRS).
Dokumenty podpisane przez osobę wytypowaną przez beneficjenta do pełnienia funkcji MAO przed datą nominacji UZIP/zastępcy UZIP nie mogą być akceptowane. Są one zwracane do beneficjenta przez IW z wnioskiem o ich ponowne podpisanie, przez osoby upoważnione.