Przedmiotem posiedzenia Krajowej Komisji ds. Ocen Oddziaływania na Środowisko, Zespołu Roboczego ds. Inwestycji Liniowych w dniu 17 grudnia 2004 r. było ponowne  zaopiniowanie nadesłanych przez dyrektora Oddziału w Szczecinie Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad materiałów do wniosku o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji drogi dla projektu budowy drogi ekspresowej S-3 na odcinku Szczecin - Gorzów Wielkopolski, 
od km 0+000 do km 81+613. Pierwsze posiedzenie Komisji w sprawie projektowanej drogi ekspresowej odbyło się w dniu 9 sierpnia 2004 r. Wówczas przedmiotem obrad był odcinek zlokalizowany na terenie województwa zachodniopomorskiego. Na posiedzeniu tym wypracowano stanowisko, w którym negatywnie zaopiniowano raport o oddziaływaniu na środowisko planowanej budowy drogi ekspresowej S-3 na odcinku Szczecin (węzeł "Klucz") do granicy z województwem lubuskim. W oparciu o powyższe stanowisko Minister Środowiska wydał negatywną opinię w trybie art. 5 ust. 1 pkt 6 lit. a/ ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r. o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg krajowych (Dz. U. Nr 80, poz. 721 ze zm.). Warunkiem ponownego wystąpienia do Ministra Środowiska o wydanie przedmiotowej opinii było uzupełnienie raportu 
o oddziaływaniu na środowisko, zgodnie z wymogami ustawowymi oraz przedstawionymi uwagami. Pismem z dnia 30 listopada 2004 r. dyrektor Oddziału w Szczecinie Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad wystąpił do Ministra Środowiska z kolejnym wnioskiem o wydanie opinii w sprawie planowanego przedsięwzięcia drogowego. 

Planowane przedsięwzięcie polega na budowie odcinka drogi ekspresowej o długości 81,613 km na obszarze województwa zachodniopomorskiego i lubuskiego, w granicach administracyjnych miasta Szczecin, gmin: Gryfino, Bielice, Banie, Kozielice, Pyrzyce, Myślibórz, Nowogródek Pomorski, Lubiszyn, Kłodawa oraz miasta Gorzów Wielkopolski. Trasa projektowanego odcinka S-3 przebiega po śladzie wariantu podstawowego autostrady A-3 (Szczecin - Lubawka) na jej odcinku Szczecin - Gorzów Wielkopolski, który objęty był wskazaniami lokalizacyjnymi nr 7/98 z dnia 17 sierpnia 1998 r. wydanymi przez Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji.

Projektowany odcinek drogi ekspresowej przecina bądź przechodzi w bezpośrednim sąsiedztwie obszarów cennych przyrodniczo objętych ochroną prawną. Analizowany odcinek drogi zaczyna się dwupoziomowym węzłem "Klucz" na skrzyżowaniu z autostradą A-6 (Berlin - Szczecin) zlokalizowanym w pobliżu obszaru Natura 2000 "Dolina Dolnej Odry" (kod PLB320003) wyznaczonym rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (Dz. U. Nr 229, poz. 2313) oraz Parku Krajobrazowego "Dolina Dolnej Odry". Następnie wchodzi w granice projektowanego specjalnego obszaru ochrony siedlisk "Wzgórza Bukowe" (kod PLH320020), gdzie jednocześnie przebiega w bezpośrednim sąsiedztwie bądź w granicach Szczecińskiego Parku Krajobrazowego "Puszcza Bukowa", a na znacznej długości w jego otulinie. Na terenie gminy Gryfino przecina obszar specjalnej ochrony ptaków "Jeziora Wełtyńskie" (kod PLB320004) wyznaczony ww. rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004 r. Natomiast w obrębie gminy Kozielice i Myślibórz projektowana trasa trzykrotnie przecina projektowany specjalny obszar ochrony siedlisk "Pojezierze Myśliborskie" (kod PLH320014). W obrębie ww. obszaru przebiega w sąsiedztwie rezerwatu Tchórzyno. Na terenie województwa lubuskiego droga przechodzi przez projektowany specjalny obszar ochrony siedlisk "Torfowisko Chłopiny" (kod PLH080004), gdzie jednocześnie przebiega w bezpośrednim sąsiedztwie cennego pod względem przyrodniczym rezerwatu Bagno Chłopiny.

Na posiedzeniu w dniu 17 grudnia 2004 r. członkowie Zespołu Roboczego Krajowej Komisji zapoznali się z następującymi materiałami:

• Dokumentacja Techniczna do wniosku o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji. Droga ekspresowa S-3 woj. zachodniopomorskie, węzeł "Klucz" km 0+000 - granica woj. lubuskiego km 66+083. Transprojekt Gdański Sp. z o.o., Gdańsk, listopad 2004 r.;
• Raport oddziaływania na środowisko. Droga ekspresowa S-3 woj. zachodniopomorskie, węzeł "Klucz" km 0+000 - granica woj. lubuskiego km 66+083. Transprojekt Gdański Sp. z o.o., Gdańsk, listopad 2004 r.;
• Dokumentacja Techniczna do wniosku o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji. Droga ekspresowa S-3 woj. lubuskie, odcinek: granica woj. zachodniopomorskiego km 66+083 - węzeł "Gorzów Północ" km 81+613. Transprojekt Gdański Sp. z o.o., Gdańsk, listopad 2004 r.
• Raport oddziaływania na środowisko. Droga ekspresowa S-3 województwo lubuskie, odcinek: granica woj. zachodniopomorskiego km 66+083 - węzeł "Gorzów Północ" km 81+613. Transprojekt Gdański Sp. z o.o., Gdańsk, listopad 2004 r.; 
• Koreferat do raportu o oddziaływaniu na środowisko planowanego przedsięwzięcia drogowego polegającego na budowie drogi ekspresowej S-3 na odcinkach: Szczecin (Klucz) - granica z woj. lubuskim km (0+000 - 66+083) oraz granica województw: lubuskiego i zachodniopomorskiego - Gorzów km (66+083 - 81+613) opracowany przez mgr Jana Borzyszkowskiego przy współpracy mgr Agnieszki Kuśmierz. Instytut Ochrony Środowiska, Warszawa, 14 grudnia 2004 r.

• Przedłożony ponownie do opinii Ministrowi Środowiska raport o oddziaływaniu planowanego przedsięwzięcia drogowego na środowisko tylko częściowo uwzględnia uwagi zawarte w stanowisku Komisji z dnia 9 sierpnia 2004 r. W opracowaniu nie spełniono zasadniczego warunku, jakim było wykonanie analizy porównawczej wariantów przebiegu przedsięwzięcia względem obszarów chronionych (zwłaszcza obszarów sieci Natura 2000), wraz z uzasadnieniem wyboru wariantu oraz przedstawienie wniosków dotyczących ewentualnej potrzeby zmiany przebiegu drogi w odniesieniu do wybranych jej odcinków ze względu na ochronę przyrody. W raporcie przedstawiono dwa warianty zmiany przebiegu drogi ekspresowej S-3, które wytyczone zostały już w 1997 r. dla planowanej autostrady A-3 tj. wariant Ia (omijający obszar Natura 2000 "Pojezierze Myśliborskie") i wariant Ib (omijający obszary sieci Natura 2000 - "Pojezierze Myśliborskie" i "Torfowisko Chłopiny") na odcinku Kozielice - Marwice. Jednak należy podkreślić, że zaproponowane warianty zostały tylko ogólnie zasygnalizowane, nie została przeprowadzona obiektywna i rzetelna ocena ich wpływu na środowisko, a w szczególności na obszary chronione. Nie zastosowano w zasadzie żadnej metody wartościującej oddziaływania alternatywnych rozwiązań przedsięwzięcia, nie zastosowano jednolitych kryteriów i miar oceny wariantów. W związku z czym trudno jest stwierdzić, który wariant wyrządzi najmniej szkód w środowisku i w mniejszym stopniu będzie wpływał na obszary cenne przyrodniczo objęte ochroną prawną, a w szczególności na obszary Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000. W przedłożonym do opinii raporcie analizie i ocenie poddano przede wszystkim projekt przedsięwzięcia w wariancie podstawowym zaproponowanym przez inwestora. Przy tak ogólnym opisie rozwiązań alternatywnych brak jest uzasadnienia dla preferowanego przez inwestora przebiegu drogi ekspresowej S-3 w wariancie podstawowym. 

• W celu spełnienia  warunków określonych w Załączniku Nr 1 do ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r. o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg krajowych oraz wymogów wynikających z ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody, raport o oddziaływaniu planowanego przedsięwzięcia drogowego na środowisko należy uzupełnić o wielokryterialną analizę porównawczą rozwiązań wariantowych i ich ocenę pod kątem wpływu na obszary Natura 2000, a w szczególności w odniesieniu do siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt, dla których ochrony przedmiotowy obszar został wyznaczony. Przy analizie i ocenie każdego z wariantów należy przyjąć jednakowe kryteria oraz metody prognozy ewentualnych oddziaływań, które pozwolą na wybór wariantu optymalnego. Niezwykle istotne znaczenie ma również określenie przewidywanych działań mających na celu kompensację przyrodniczą negatywnych oddziaływań na środowisko oraz ocenę efektywności zaproponowanych metod i środków. 
• W obrębie każdego z projektowanych specjalnych obszarów ochrony siedlisk, przez które zaplanowano przebieg drogi ekspresowej w wariancie podstawowym, znajdują się siedliska o znaczeniu priorytetowym. Zgodnie z ustawą z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody, jeżeli na obszarze Natura 2000 występuje siedlisko lub gatunek o znaczeniu priorytetowym zezwolenie na realizację inwestycji może zostać udzielone wyłącznie w celu: 

- ochrony zdrowia i życia ludzi;
- zapewnienia bezpieczeństwa powszechnego;
- uzyskania korzystnych następstw o pierwszorzędnym znaczeniu dla środowiska przyrodniczego;
- wynikającym z koniecznych wymogów nadrzędnego interesu publicznego, po uzyskaniu opinii Komisji Europejskiej.

Niezwykle istotne znaczenie ma więc identyfikacja oraz określenie wpływu planowanego przedsięwzięcia na siedliska lub gatunki o znaczeniu priorytetowym znajdujące się w obrębie specjalnych obszarów ochrony siedlisk Natura 2000.