W myśl art. 46 ust 4 ustawy z dnia 27 kwietnia 2001 r. Prawo ochrony środowiska (Dz. U. Nr 62 poz. 627 ze zm.) oraz zgodnie z § 2 ust 1 pkt 2 lit e rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 24 września 2002 r. w sprawie określenia rodzajów przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko oraz szczegółowych kryteriów związanych z kwalifikowaniem przedsięwzięć do sporządzania raportu o oddziaływaniu przedsięwzięcia na środowisko (Dz. U. Nr 179, poz.1490) farmy elektrowni wiatrowych planowane w polskich obszarach morskich należą do przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko, dla których postępowanie w sprawie oceny oddziaływania na środowisko (z obligatoryjnym raportem OOŚ) będzie przeprowadzane zarówno na etapie uzyskania decyzji o warunkach zabudowy, jak i na etapie wydawania pozwolenia na budowę. Warto podkreślić, że wspomniane powyżej zezwolenie Ministra Infrastruktury na wznoszenie i wykorzystywanie sztucznych wysp, konstrukcji i urządzeń na polskim morzu terytorialnym lub w wyłącznej strefie ekonomicznej, nie wymaga przeprowadzenia postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko. W myśl art. 60 ust 1 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym dyrektor właściwego urzędu morskiego, przed wydaniem decyzji o warunkach zabudowy powinien uzyskać zezwolenie Ministra Infrastruktury na wznoszenie i wykorzystywanie sztucznych wysp, konstrukcji i urządzeń na polskim morzu terytorialnym lub w wyłącznej strefie ekonomicznej. Zatem przedmiotowe zezwolenie, wydawane przez Ministra Infrastruktury po uzyskaniu opinii Ministra Środowiska, determinuje kierunek dalszego biegu procesu inwestycyjnego prowadzonego dla morskich farm elektrowni wiatrowych. 

Opracowanie opinii Ministra Środowiska w zakresie oddziaływań elektrowni wiatrowych na środowisko morskie okazało się problematyczne z kilku powodów. Jeden z nich stanowi zbyt ogólna podstawa do wydawania przez Ministra Środowiska opinii w zakresie realizacji w obszarach wyłącznej strefy ekonomicznej i morza terytorialnego sztucznych wysp, konstrukcji i urządzeń. Obecnie zapis art. 23 ustawy o obszarach morskich Rzeczypospolitej Polskiej i administracji morskiej nie precyzuje ani zakresu przedmiotowej opinii, ani też nie zobowiązuje wnioskodawcy do przedłożenia odpowiedniej dokumentacji, jaka stanowiłaby podstawy do jej wydawania. W świetle obecnych przepisów Minister Środowiska nie może nałożyć na wnioskodawcę dodatkowych obowiązków (prowadzenia monitoringu, czy inwentaryzacji przyrodniczej) warunkujących jego pozytywną opinię.

Kolejne utrudnienie przy sporządzaniu przedmiotowych opinii Ministra Środowiska, wydawanych w trybie art. 23 ustawy o obszarach morskich RP i administracji morskiej, polega na kolidowaniu planowanych morskich farm wiatrowych z projektowanymi obszarami chronionymi. Do tych ostatnich zaliczono Ławicę Odrzańską i Ławicę Słupską zgłoszone do Bałtyckiego Systemu Obszarów Chronionych - HELCOM BSPA oraz obszar na południe od Ławicy Orlej, pas przybrzeżny ciągnący się od zachodniej granicy RP do Władysławowa, Zatokę Pucką oraz polską część Zalewu Wiślanego przewidziane do ochrony w ramach Europejskiej Sieci Ekologicznej NATURA 2000. Europejska Sieć Ekologiczna NATURA 2000 została wyznaczona na terytorium państw członkowskich Unii Europejskiej w celu ochrony poszczególnych cennych i zagrożonych składników różnorodności biologicznej kontynentu na podstawie dwóch aktów prawnych - Dyrektywy Rady 79/409/EWG w sprawie ochrony dzikich ptaków (dyrektywa ptasia) oraz Dyrektywy Rady 92/43/EWG w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory (dyrektywa siedliskowa). Oba, wymienione powyżej akty prawne nakładają szczególne zasady realizacji przedsięwzięć mogących negatywnie oddziaływać na obszary chronione w ramach Natury 2000, zawarte w projekcie ustawy o ochronie przyrody. 

Biorąc pod uwagę powyższe przesłanki oraz znaczenie opinii Ministra Środowiska dla przebiegu dalszego procesu inwestycyjnego w obszarze Morza Bałtyckiego, problematyka dotycząca lokalizacji morskich elektrowni wiatrowych została przedłożona do rozpatrzenia przez Krajową Komisję ds. Ocen Oddziaływania na Środowisko.

Członkowie Krajowej Komisji ds. Ocen Oddziaływania na Środowisko, 
na posiedzeniu w dniu 17 września 2003 r. zapoznali się z materiałem pt. "Problematyka lokalizacji farm elektrowni wiatrowych w granicach polskich obszarów morskich" opracowanym przez Artura Kawickiego i Katarzynę Twardowską - pracowników Departamentu Instrumentów Ochrony Środowiska Ministerstwa Środowiska. Na podstawie wystąpienia autorów referatu, przedstawicieli Ministerstwa Infrastruktury, organizacji ekologicznych, a także zainteresowanych stron, Krajowa Komisja ds. Ocen Oddziaływania na Środowisko przedstawia poniższe stanowisko:

1. W celu umożliwienia realizacji przedsięwzięć, w tym elektrowni wiatrowych, w granicach obszarów morskich przewidzianych do ochrony w ramach Konwencji Helsińskiej (BSPA) oraz Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000, powinny zostać wskazane obszary, które zostałyby wyłączone z jakiejkolwiek działalności inwestycyjnej z uwagi na swe wyjątkowe walory przyrodnicze; 
2. Wyznaczenie granic obszarów cennych przyrodniczo, w obrębie których działalność inwestycyjna byłaby zabroniona, powinno nastąpić, po dokonaniu szczegółowej waloryzacji przyrodniczej strefy przybrzeżnej Morza Bałtyckiego, przeprowadzanej m.in. na etapie weryfikacji granic obszarów przewidzianych do ochrony w ramach Natury 2000. Do czasu zakończenia prac związanych z waloryzacją przyrodniczą Bałtyku wnioskuje się o niewydawanie opinii pozytywnych. Bez szczegółowej inwentaryzacji przyrodniczej realizacja morskich farm wiatrowych zgodnie z obecnymi założeniami lokalizacyjnymi mogłaby doprowadzić do nieodwracalnych szkód w środowisku Morza Bałtyckiego. 
3. Ponadto ewentualna, wydana w przyszłości pozytywna opinia Ministra Środowiska odnośnie morskich farm elektrowni wiatrowych w projektowanych obszarach Natura 2000 powinna być poprzedzona wykazaniem konieczności realizacji przedsięwzięcia, brakiem alternatywnych lokalizacji, wykazaniem znikomej szkodliwości inwestycji na przyrodę lub wskazaniem działań rekompensujących straty przyrodnicze. W przypadku wszystkich planowanych przedsięwzięć, przesunięcie lokalizacji poza granice obszarów chronionych byłoby teoretycznie możliwe (brak takiej możliwości nie został wykazany w żadnym z wniosków). Z podanych powyżej powodów podjęcie działań inwestycyjnych w projektowanych obszarach Natury 2000 do chwili wejścia w życie projektu ustawy o ochronie przyrody wydaje się niewskazane. Wtedy to mocy prawnej nabiorą mechanizmy dotyczące realizacji planowanych przedsięwzięć mogących oddziaływać na obszary Natura 2000, takie jak obowiązek przeprowadzenia postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko, przeprowadzanie kompensacji przyrodniczej, konieczność wykazania braku alternatywnych lokalizacji, powiadamianie Komisji Europejskiej.
4. W przypadku wniosków dotyczących morskich farm wiatrowych planowanych w obszarach cennych przyrodniczo, w skład których wchodziłoby kilkadziesiąt turbin, należy rozważyć możliwość udzielania zezwoleń na realizację tzw. fazy pilotażowej. Faza pilotażowa miałaby objąć część z planowanych elektrowni wiatrowych. Realizacja pozostałej części farmy byłaby dopuszczona dopiero po wykazaniu realnego oddziaływania na środowisko, potwierdzonego wynikami z co najmniej dwuletniego monitoringu przyrodniczego. 
5. Krajowa Komisja ds. Ocen Oddziaływania na Środowisko wyraziła ponadto pogląd, że przed rozpoczęciem realizacji morskich farm wiatrowych koniecznym jest wykazanie ekonomicznej potrzeby ich eksploatacji. Jednocześnie zauważono, że rozpoczęcie budowy tego typu przedsięwzięć byłoby niewskazane w świetle zbyt ogólnego zapisu art. 23 ustawy o obszarach morskich RP i administracji morskiej, stanowiącego podstawy do wydawania opinii Ministra Środowiska.
6. Dodatkowo Krajowa Komisja ds. Ocen Oddziaływania na Środowisko zauważyła, że warunkiem ewentualnej realizacji morskich elektrowni wiatrowych powinna być weryfikacja wydolności finansowej wnioskodawcy oraz gwarancja bankowa dla zabezpieczenia rozbiórki obiektu w przypadku bankructwa inwestora.