Planowane przedsięwzięcie polega na budowie odcinka drogi ekspresowej o długości 66,083 km na obszarze województwa zachodniopomorskiego, w granicach administracyjnych miasta Szczecin oraz gmin: Gryfino, Bielice, Banie, Kozielice, Pyrzyce, Myślibórz, Nowogródek Pomorski. Trasa projektowanego odcinka S-3 przebiega po śladzie wariantu podstawowego autostrady A-3 (Szczecin - Lubawka) na jej odcinku Szczecin - Gorzów Wielkopolski, który objęty był wskazaniami lokalizacyjnymi nr 7/98 z dnia 17 sierpnia 1998 r. wydanymi przez Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji. Docelowo przedmiotem inwestycji będzie budowa drogi ekspresowej S-3 na odcinku Szczecin (węzeł "Klucz") - Gorzów Wielkopolski (węzeł "Gorzów Północ") o długości 81,613 km. 

Projektowany odcinek drogi ekspresowej przecina bądź przechodzi w bezpośrednim sąsiedztwie obszarów cennych przyrodniczo stanowiących elementy Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000, w obrębie których zgodnie z ustawą z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. Nr 92, poz. 880) obowiązują restrykcyjne zasady prowadzenia działalności inwestycyjnej. Analizowany odcinek drogi zaczyna się dwupoziomowym węzłem "Klucz" na skrzyżowaniu z autostradą A-6 (Berlin - Szczecin) zlokalizowanym w pobliżu obszaru specjalnej ochrony ptaków Dolina Dolnej Odry (kod PLB320003) oraz Parku Krajobrazowego "Dolina Dolnej Odry". Następnie wchodzi w granice projektowanego specjalnego obszaru ochrony siedlisk Wzgórza Bukowe (kod PLH320020), gdzie przebiega w bezpośrednim sąsiedztwie bądź w granicach Szczecińskiego Parku Krajobrazowego "Puszcza Bukowa", a na znacznej długości w jego otulinie. Na terenie gminy Gryfino przechodzi przez obszar specjalnej ochrony ptaków Jeziora Wełtyńskie (kod PLB320004). W obrębie gminy Kozielice i Myślibórz projektowana trasa trzykrotnie przecina projektowany specjalny obszar ochrony siedlisk Pojezierze Myśliborskie (kod PLH320014). W obrębie ww. obszaru przebiega w sąsiedztwie rezerwatu Tchórzyno. Przedłożony do opinii odcinek drogi ekspresowej kończy się na granicy z województwem lubuskim. Dalszy przebieg projektowanej drogi, nieobjęty wnioskiem o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji drogi, znajduje się między innymi w granicach projektowanego specjalnego obszaru ochrony siedlisk Torfowisko Chłopiny (kod PLH080004) oraz w bezpośrednim sąsiedztwie rezerwatu Bagno Chłopiny.

Na posiedzeniu w dniu 9 sierpnia 2004 r. członkowie Zespołu Roboczego Krajowej Komisji zapoznali się z następującymi materiałami:

• Dokumentacja Techniczna do wniosku o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji drogi. Droga ekspresowa S-3 województwo zachodniopomorskie, węzeł "Klucz" km 0+000 - granica województwa lubuskiego km 66+083. Transprojekt Gdański Sp. z o.o.;
• Raport o oddziaływaniu na środowisko. Droga ekspresowa S-3 województwo zachodniopomorskie, węzeł "Klucz" km 0+000 - granica województwa lubuskiego 

km 66+083 (część I i II). Transprojekt Gdański Sp. z o.o.;

• Koreferat do wniosku o wydanie opinii do decyzji o ustalenie lokalizacji dla budowy drogi ekspresowej S-3 na odcinku Szczecin (węzeł "Klucz") do granicy 

z województwem lubuskim, od km 0+000 do km 66+083, opracowany przez 
mgr Jana Borzyszkowskiego przy współpracy mgr Agnieszki Kuśmierz. Instytut Ochrony Środowiska.

1. W przedłożonym do opinii raporcie o oddziaływaniu na środowisko analizie i ocenie poddano jedynie wariant przedstawiony przez inwestora, nie uwzględniając możliwości alternatywnych przebiegów drogi. Lokalizacja inwestycji nie została poparta rzetelną analizą i oceną rozwiązań wariantowych, zwłaszcza w odniesieniu do obszarów cennych 

i wrażliwych przyrodniczo oraz objętych ochroną prawną. Ponadto należy zauważyć, że już w koncepcji przebiegu autostrady A-3 przedstawiono kilka wariantów zmiany trasy w stosunku do wariantu podstawowego ze względu na uwarunkowania przyrodnicze. Przy opracowaniu alternatywnych wariantów przebiegu drogi ekspresowej S-3 na obszarach chronionych zaleca się wykorzystanie założeń wariantowych wypracowanych dla przedmiotowego odcinka autostrady A-3.
2. Szczególne zastrzeżenie budzi projekt lokalizacji Miejsc Obsługi Podróżnych "Wysoka" typu II i III w obrębie obszaru specjalnej ochrony ptaków Jeziora Wełtyńskie. Raport bardzo ogólnie odnosi się do tego elementu przedsięwzięcia, w znikomy sposób określając jego oddziaływanie na środowisko, nie przedstawiając rozwiązań alternatywnych lokalizacji - poza obszarami chronionymi. Wskazane jest więc przeniesienie ww. miejsc obsługi podróżnych poza granice obszaru sieci Natura 2000.
3. "Raport o oddziaływaniu planowanego przedsięwzięcia drogowego na środowisko" nie spełnia obligatoryjnych warunków, określonych w załączniku Nr 1 do ustawy z dnia 

10 kwietnia 2003 r. o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg krajowych. Raport ten wymaga poprawienia i uzupełnienia o następujące zagadnienia:

• wykonanie analizy porównawczej wariantów przebiegu przedsięwzięcia względem obszarów chronionych (zwłaszcza obszarów sieci Natura 2000), wraz z uzasadnieniem wyboru wariantu; 

• przedstawienie wskazań dotyczących ewentualnej potrzeby zmiany przebiegu drogi w odniesieniu do wybranych jej odcinków ze względu na ochronę przyrody;
• określenie wpływu realizacji i eksploatacji przedsięwzięcia na krajobraz, gleby i środowisko gruntowo - wodne;
• przedstawienie opisu znaczących oddziaływań planowanego przedsięwzięcia, obejmującego bezpośrednie, pośrednie, wtórne, skumulowane, krótko-, średnio- i długoterminowe oddziaływania w czasie realizacji i eksploatacji drogi;
• określenie przewidywanych oddziaływań przedsięwzięcia na środowisko w przypadku wystąpienia poważnego zagrożenia spowodowanego wypadkiem drogowym; określenie miejsc szczególnie wrażliwych na skutki ww. zagrożeń oraz wskazanie działań mających na celu zapobieganie im lub ich ograniczanie;
• określenie wytycznych realizacji przedsięwzięcia, na podstawie przewidywanych oddziaływań przedsięwzięcia na środowisko na etapie budowy;
• określenie przewidywanych działań mających na celu zapobieganie, ograniczanie, kompensację przyrodniczą negatywnych oddziaływań na środowisko oraz ocenę efektywności zaproponowanych metod i środków;
• uwzględnienie przy szczegółowej lokalizacji przejść dla zwierząt dużych i przepustów drogowych dla zwierząt małych rzeczywistych ścieżek migracyjnych zwierząt oraz właściwych parametrów technicznych proponowanych konstrukcji.