Wyłączenie obowiązku zapłaty opłaty skarbowej na podstawie art. 3 ustawy o opłacie skarbowej jest uzasadnione tylko w przypadku, gdy na podstawie odrębnych przepisów pobierana jest za ten sam przedmiot inna opłata o charakterze publicznoprawnym (lub przedmiot jest od tej opłaty zwolniony).

Ponieważ opłata rejestracyjna jest wnoszona za rozpatrzenie wniosku o wydanie pozwolenia zintegrowanego, a nie za wydanie pozwolenia zintegrowanego (inny jest więc przedmiot opłaty), dlatego też w tym przypadku istnieje obowiązek uiszczenia opłaty skarbowej. Zgodnie z art. 6 ust. 3 ustawy o opłacie skarbowej obowiązek zapłaty opłaty skarbowej następuje z chwilą wydania pozwolenia zintegrowanego.